CakePHPでトップページの表示を変更するには「app/views/pages/home.ctp」を書き換えることで可能です。
この場合レイアウトは、自動的に「app/views/layouts/default.ctp」を利用します。

通常レイアウトの変更には、コントローラーのアクションに「$this->layout = ‘default’;」といった感じで、任意に変更ができるのですが、もともとコントローラーを作成しないトップページの場合では、簡単にレイアウトの変更ができません。

そのための解決方法として、トップページの表示を担うコントローラーをCakePHPコアのライブラリからコピーして、一部修正することにします。
はじめに、コアに含まれるライブラリ「cake/libs/controller/pages_controller.php」を、「app/controllers」にコピーします。

「pages_controller.php」内のdisplayアクションは次のようになっています。(バージョン1.3.8)

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function display() {
	$path = func_get_args();
 
	$count = count($path);
	if (!$count) {
		$this->redirect('/');
	}
	$page = $subpage = $title_for_layout = null;
 
	if (!empty($path[0])) {
		$page = $path[0];
	}
	if (!empty($path[1])) {
		$subpage = $path[1];
	}
	if (!empty($path[$count - 1])) {
		$title_for_layout = Inflector::humanize($path[$count - 1]);
	}
	$this->set(compact('page', 'subpage', 'title_for_layout'));
	$this->render(implode('/', $path));
}

このdisplayアクションに、レイアウトを指定する記述を追加することで、トップページ用のレイアウトを変更できます。

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function display() {
	$path = func_get_args();
 
	//ここから
	if ($path[0] == 'home') {
		$this->layout = 'home';
	}
	//ここまで
 
	...
 
}

上記の例では、ページのパスが「home(トップページ)」の場合に、「home」レイアウトを利用するようにしています。
後は「app/views/layouts」フォルダに、テンプレート「home.ctp」を作成すればレイアウトの変更が可能になります。