通常、管理画面で作成したメニューはブロックを使うことで割り当てられた場所に配置ができますが、テンプレート内に直接追加することもできます。

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<?php
print theme('links', array('links' => menu_navigation_links('menu-custom'), 'attributes' => array('class'=> 'custom')));
?>

上記では「menu-custom」という名前で作成したメニューを、テンプレートファイル「page.tpl.php」に追加することで、カスタムに表示することができます。