OS Xでは標準機能としてシステム環境設定から、各アプリケーションのキーボードショートカットを割り当てることができます。
設定方法は簡単で、「システム環境設定　＞　キーボード　＞　ショートカット」の画面で、「アプリケーション」の項目に「＋」ボタンから追加して、該当アプリケーションの選択と、メニュー項目の名称を入力するのみです。
もしメニュー項目の名称が異なる階層で重複して存在する場合には、階層の上位のメニュー名称を「->」の記号で繋いでいくことで、確実に割り当てることができます。

上の画像では、テキストエディタ「Espresso」でよく使う言語のハイライトシンタックスに、キーボードショートカットを割り当てています。